Музей истории МГУ был открыт в соответствии с приказом ректора В.А. Садовничего в 1995 году. С этого времени складывались коллекции музея, формировались фонды, которые экспонировались на целом ряде выставок как в МГУ, так и в других научных и учебных центрах. В 2005 году Музей активно участвовал в подготовке и реализации юбилейных выставок, посвященных празднованию 250-летия со дня основания Московского университета в Государственном историческом музее и в новом здании Интеллектуального центра МГУ — Фундаментальной библиотеки МГУ, где для музея были спроектированы выставочные залы и площади для хранения экспонатов.
В настоящее время фонд Музея истории МГУ включает 3,5 тыс. экспонатов, обширную фототеку (10 тыс. негативов), отражающую различные этапы становления и развития Московского университета. В музее выставлены произведения живописи и скульптуры, документальные материалы, награды университета, книги, карты, личные вещи профессоров и преподавателей университета, предметы мебели и обихода. Проводятся тематические временные выставки, посвященные круглым датам в истории университета и его подразделений, жизни и деятельности наиболее известных профессоров и питомцев.
Многие экспонаты представлены в виртуальной коллекции Музея: http://hm.msu.ru/exhibits