Анапский археологический музей является филиалом Краснодарского Государственного историко-археологического музея-заповедника им. Е.Д. Фелицына и включает в себя археологический заповедник «Горгиппия» и отдел краеведения.
Археологический заповедник «Горгиппия» находится в самом центре города на его набережной и по-своему считается уникальным. На большой территории представлен полностью музеефицированный раскоп древнего города – памятник «Античная Горгиппия». Рядом, в тени деревьев, лаппидарий, где располагаются фрагменты храмовой архитектуры, саркофаги, надгробные плиты. В залах музея работают постоянные экспозиции и фондовые выставки.
В здании музея в 1999 г. открыт мемориальный зал Матери Марии (Е.Ю. Пиленко, Кузьминой-Караваевой, Скобцовой).
Отдел краеведения находится в самом начале сквера имени генерала И.В. Гудовича. За знаменитым Анапским маяком в старинном здании работают постоянные экспозиции: «Анапа в русско-турецких войнах», «История курорта Анапа», «Виноградарство и виноделие», «Анапа в годы Великой Отечественной войны».
Анапский археологический музей – один из старейших музеев Краснодарского края. Он был основан в 1909 г. при участии известного российского археолога, профессора Петербургского университета Н.И. Веселовского.
Дважды, в течение ХХ в. Анапский музей погибал – в трагические годы Гражданской и Великой Отечественной войн. И дважды возрождался, как Феникс из пепла – в 1932 и 1945 гг. В 1977 г. Анапский музей получил статус археологического, его неотъемлемой частью стал археологический заповедник «Горгиппия».
На сегодняшний день археологическое собрание Анапского музея насчитывает более 25 000 единиц хранения. Его основу составляют находки из раскопок античного города Горгиппия – боспорского полиса, находившегося на месте современной Анапы, который исследуется археологами уже более полувека. Уникальными, по мнению специалистов-археологов, являются коллекции монет, античной надгробной скульптуры, эпиграфики, керамических клейм, стеклянных изделий, ювелирных украшений.
Существенный вклад в формирование археологических коллекций музея внесла Анапская экспедиция Института археологии РАН, возглавлявшаяся докторами исторических наук И.Т. Кругликовой и Е.М. Алексеевой. Экспедиция на протяжении десятилетий вела систематические исследования городища Горгиппии и ее некрополя, поселений и могильников ее округи. В музей поступали также материалы из охранных раскопок, проводившихся сотрудниками Анапского археологического музея и специалистами других исследовательских центров.
В настоящее время Анаский археологический музей является одним из хранителей античного историко-культурного наследия России, активно его изучает и популяризирует, стремясь сделать достояние веков доступным каждому.